Une nécropole néolithique de Bougon a été fouillée par Jean-Pierre Mohen dans les années 80. Les partenaires publics ont décidé de lancer officiellement la réalisation d’un musée de site ayant pour objectif la présentation de la nécropole et les résultats des fouilles engagées (sépultures, outils, reconstitutions). La réalisation du musée a été menée en 7 mois d’étude et 11 mois de chantier. La première phase du nouveau musée a été inaugurée en juin 1993.

Depuis cette date, le Studio Milou Architecture intervient régulièrement dans le suivi des aménagements architecturaux et paysagers au voisinage du musée (création d’une cafétéria en 1997, nouvelles plantations en 1998, création d’un nouveau grainage d’entrée en 2003, création d’un sas d’entrée en 2004, aménagement de certains villages au pourtour du musée, etc.)